Bei der Systemintegration werden verschiedene Schnittstellen genutzt, um eine nahtlose Kommunikation zwischen unterschiedlichen Systemen zu gewährleisten. Dazu gehören APIs (Application Programming Interfaces), die den Austausch von Daten und Funktionen ermöglichen. SOAP (Simple Object Access Protocol) und REST (Representational State Transfer) sind häufig verwendete Protokolle für Web-APIs. Middleware kann auch als Vermittler agieren, um Datenflüsse zu optimieren. Darüber hinaus werden EDI (Electronic Data Interchange) für den elektronischen Datenaustausch in Geschäftsprozessen und Datenbanken mit ODBC (Open Database Connectivity) oder JDBC (Java Database Connectivity) Schnittstellen genutzt, um auf gespeicherte Daten zuzugreifen.
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